Clerc dilahirkan di pekan Corcelles di Switzerland dan lulus pengajian di sebuah sekolah perdagangan di Neuchâtel.[3][4] Namun begitu, keadaan keluarganya tidak memungkinkan beliau untuk melanjutkan belajar di universiti.

Pada tahun 1862, Clerc berhijrah ke Rusia dan menjadi guru rumah bahasa Perancis dengan keluarga Trubetskoy di Moscow. Setelah mengambil ujian di Universiti Imperial Saint Petersburg, beliau diberi kelulusan untuk mengajar bahasa Perancis di institusi-institusi pendidikan. Setelah tiga tahun di Moscow, beliau bekerja di Yaroslavl, di mana beliau mengambil bahagian dalam karya persatuan saintifik tempatan.